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조직형태학적검사는 염료를 사용하여 조직의 형태를 염색하여 관찰하는 방법으로 목적에 따라 일반 염색, 결함조직 염색, 신경조직 염색, 조직 내 병원미생물 염색 등으로 나누어집니다. 또 염료대신 금속을 특정 조직의 표면에 금속성 물질을 침착시켜 관찰하는 금속 침투법도 자주 이용되는데, 이 중 은을 사용하는 도은 법이 가장 많이 활용 됩니다. 조직화학적 검사는 조직 세포 내에 포함된 각종 유기, 무기물질을 대상으로 염료를 포함한 여러 화학물질을 사용하여 검출하는 방법이며 그 목적에 따라 나눌수 있는데 일반 조직화학적 검사는 핵산, 탄수화물, 지질 등과 같은 유기질 및 철, 칼슘, 구리 등의 무기질 검출을 위해 사용되는 방법으로 보통 염료가 사용되지만, 드물게 이들 성분에 무색의 시약을 첨가하여 유색반응산물을 형성 시켜 검출하는 경우도 있습니다. 검출 대상 물질에 따라 각각 핵산 조직화학, 탄수화물 조직화학, 지질 조직화학 및 무기질 조직화학으로 세분하여 다루기도 합니다. 효소조직화학은 효소와 기질 사이의 특이적인 반응을 이용하여 조직절편 위에서 효소활성부위를 가시화 하는 방법입니다. 이경우 처음 조직절편 위에 기질을 첨가하면 효소의 작용으로 기질의 분해산물이 생성되는데 이를 일차반응 산물이라 부르며 흔히 무색을 띕니다. 따라서 이 반응 산물을 가시화하기 위해 한단계이상을 거쳐 효소활성부위에 유색의 반응산물를 침착시킴으로써 반응이 종결됩니다. 이 때 생성되는 유색반응산물을 최종반응 산물이라고 하여 PRP와 구별하고 있습니다. 면역조직화학은 조직절편 위에 존재하는 항원을 검출하기 위해 항체를 사용하는 방법으로 보통 줄여서 면역 염색법이라 부르며, 다른 방법에 비해 특이도와 민감도가 매우 높은 염색법입니다. 이 염색법에는 항체에 형광염료 또는 효소를 표지하여 항원과 결합시킨 다음 현미경을 사용하여 관찰하는 두 가지 방법이 있는데 전자를 형광항체법, 후자를 효소항체법이라 부릅니다. 이경우 형광염료가 표지된 항체를 사용한다면 동결절편을 제작하여 반응시킨 후 암소에서 형광현미경으로 관찰하며, 효소가 표지된 항체를 사용할 경우 파라핀 절편을 탈파라핀하여 반응 시킨 후 광학현미경으로 관찰합니다. 유전자진단검사법에 제자리 부합법은 ISH는 핵산탐침자를 이용하여 조직세포내의 DNA 또는 RNA의 염기서열를 검출하는 분자병리학적 방법으로 특히 감염성 질환의 진단에 많이 활용 되고 있습니다.